При изменении дизайна на своем сайте очень важно обратить внимание изначально на некоторые особенности, игнорирование которых в последствии приведет к очень печальным последствиям. Вот на что следует обратить внимание:

• Присутствие ссылок с тегом display:none. Очень часто черные оптимизаторы зашивают ссылки на свои ГСы таким образом, что они становятся невидимыми для простого пользователя, но при этом они очень хорошо видны для поисковых систем. Такой метод называется клоакингом и несет для вашего сайта очень большие проблемы. Дело в том, что такой метод продвижения уже давно пресекается поисковыми системами. В итоге же и ваш сайт и сайт черного оптимизатора со временем попадет в бан поисковиков. Безжалостно выпиливайте такие ссылки со своего сайта.
• Отсутствие нормальной навигации на сайте. Меню на сайте может быть реализовано при помощи java script или flash. Как известно, такие ссылки не всегда индексируются поисковыми системами, поэтому могут возникнуть проблемы с индексацией сайта в целом. Поэтому если вы хотите оставить такую навигацию на сайте, то ее важно продублировать и обычной навигацией.
• Проверьте так же, не снабжены ли ссылки на сайте тегами nofollow, noindex и не запрещены ли они в файле robots.txt. Если жизненно важные ссылки на сайте снабжены этими тегами, то от них следует избавиться. Так же важно выпилить из дизайна все ненужные внутренние ссылки, которые создаются для служебных целей и не всегда нужны пользователям.